Lembaga yang pada Rabu, 9 Muharram 1432 H. / 15 Desember 2010, menggelar peletakan batu pertama gedung baru ini, pada awal kelahirannya bernama Majelis Musyawarah Pondok Pesantren Lirboyo (MM P2L). Setelah namanya berganti menjadi Lajnah Bahtsul Masail Pondok Pesantren Lirboyo (LBM P2L), bertepatan dengan penutupan bahtsul masa-il yang bertempat di serambi masjid Lirboyo di akhir tahun 2001, KH. Ahmad Idris Marzuqi atas nama Badan Pembina Kesejahteraan Pondok Pesantren Lirboyo (BPK P2L) mengeluarkan maklumat tentang status LBM P2L menjadi badan otonom yang mempunyai otoritas khusus dalam menentukan dan mengatur segala kebijakannya.

Tujuan pembentukan lembaga ini adalah karena memandang;

1. Pertama, bahtsul masail bisa dijadikan sebagai mediator dalam rangka mensosialisasikan gagasan-gagasan baru pemahaman ajaran Islam kepada masyarakat.
2. Kedua, bahtsul masail dapat difungsikan sebagai ajang penempaan keterampilan, kreativitas dan kualitas intelektual santri di pesantren, pemupukan jiwa kritis dan inovatif terhadap berbagai disiplin ilmu-ilmu agama, khususnya fikih.
3. Ketiga, melalui bahtsul masail dapat dipersiapkan sejak dini kader-kader yang mumpuni dalam mengakomodir beragam perbedaan pemikiran yang berkembang di kalangan umat, untuk kemudian memberikan formulasi terbaik secara arif dan bijaksana.

Untuk merealisasikan tujuan besar tersebut, LBM P2L diantaranya membuat tiga program utama; Sorogan, Musyawarah dan Bahstul Masail.
Program sorogan dimaksudkan sebagai bentuk usaha untuk memberikan bimbingan dan pembinaan santri semenjak dini dalam penguasaan ilmu alat (Nahwu dan Shorof). Sorogan dilaksanakan tiga kali dalam seminggu dengan menggunakan standar kitab Sulam At-taufîq dan Fathul Qarib yang dibagi dalam tiga tingkatan: Tingkat Ula, Wustho, dan Ulya. Metodenya, pertama, siswa membaca materi kitab sesuai dengan tingkatannya dan disimak oleh pembimbing, kemudian pembimbing mengajukan pertanyaan-pertanyaan seputar Nahwu dan Shorof sesuai dengan standar kitab Nahwu dan Shorof yang diajarkan di kelasnya. Khusus untuk tingkat Ulya, terkadang pembimbing juga memberikan pertanyaan yang berkaitan dengan penjelasan materi yang dibaca. Masing-masing tingkatan diselesaikan dalam waktu empat bulan, itupun kalau siswa lulus dalam ujian evaluasi kenaikan tingkatan.

Dalam lingkungan Pondok Pesantren Lirboyo, penggunaan istilah musyawarah dibedakan dengan istilah bahtsul masail. Secara substansi sebenarnya tidak ada perbedaan yang mendasar antara kedua istilah tersebut, akan tetapi secara teknis keduanya mempunyai cakupan kajian sendiri-sendiri. Program musyawarah merupakan forum kajian terhadap ragam persoalan hukum yang dilakukan oleh para santri dengan standar kitab yang telah ditentukan, sementara bahtsul masail adalah forum kajian yang tidak terikat dengan standar kitab.

Musyawarah di Pesantren Lirboyo terbagi dalam dua tingkatan. Pertama, Musyawarah Fathul Qarib dan kedua Musyawarah Al-Mahalli. Pada mulanya musyawarah dibagi ke dalam tiga tingkatan, yakni Musyawarah Fathul Qarib, Musyawarah Fathul Mu’in, Musyawarah Muhadzab dan Musyawarah Fathul Wahhab, kemudian karena pertimbangan-pertimbangan praktis dirubah menjadi Musyawarah Fathul Qarib dan Musyawarah Al-Mahlli.

Pemberian nama Fathul Qarib atau Al-Mahalli tersebut dimaksudkan hanya untuk menandai bahwa kitab-kitab tersebut merupakan rujukan utama dalam masing-masing musyawarah. Hal ini bukan berarti bahwa peserta musyawarah pada masing-masing tingkatan dalam mengkaji persoalan hukum harus berkutat pada kedua kitab tersebut. Musyawirin (peserta musyawarah/ diskusi) diperbolehkan merujuk pada referensi di luar kitab rujukan utama. Dengan kata lain, pada tingkatan musyawarah Fathul Qarib misalnya, ketika musyawirin mengkaji berbagai persoalan hukum, maka sudah barang tentu mereka harus merujuk pada kitab Fathul Qarib. Namun demikian, mereka tetap saja diberikan kebebasan untuk melihat kitab-kitab lain, dengan catatan bahwa referensi-referensi yang dijadikan rujukan masih berada dalam satu level. Musyawarah Fathul Qarib ini dilaksanakan setiap malam Kamis dan diikuti oleh peserta mulai kelas satu Tsanawiyah sampai kelas tiga Aliyah dimana setiap lokal diwajibkan mengangkat minimal lima siswa sebagai anggota tetap, dan Mutakhorrijîn (alumni) MHM.

Sistem dalam musyawarah ini adalah, musyawarah dipimpin oleh dua orang utusan dari kelas atau mutakhorrijin, sebagai rais yang akan membacakan materi pembahasan dan sebagai moderator. Musyawarah dibagi dalam empat tahap. Yakni, pembacaan materi serta menyimpulkan materi pembahasan (murod); pertanyaan berkisar pada murod; dan pertanyaan yang berkaitan dengan materi pembahasan. Ketika terdapat permasalahan yang tidak berhasil diselesaikan (mauquf), akan ditindaklanjuti dalam forum bahtsul masail.

Penekanan dalam musyawarah ini lebih pada metode pemahaman fiqhiyyah yang hanya berkisar pada komparasi ta’bir-ta’bir (teks-teks) dalam kitab rujukan yang sudah jadi. Artinya, pada musyawarah tingkat ini, wilayah diskusi hanya berkisar pada pemahaman redaksional keterangan dalam kitab kuning saja dan santri tidak diharuskan mampu mendiskusikan materi berdasarkan teori dan prinsip-prinsip fikih secara metodologis.

Pola kajian hukum musyawarah level ini, dalam melihat suatu kasus harus mencarikan teks-teks dalam kitab-kitab yang telah ditentukan, baik teks itu secara kongkrit menjelaskan status hukum persoalan yang disoroti atau hanya sebagai bahan perbandingan. Jika dalam suatu persoalan terdapat beberapa pendapat, maka mereka tidak melakukan pemilihan untuk memutuskan apakah pendapat ulama A atau pendapat ulama B yang lebih kuat dan unggul. Biasanya mereka hanya menyimpulkan bahwa dalam persoalan tersebut terdapat khilâf (kontroversi) di antara ulama.

Sedangkan musyawarah al-Mahalli dilaksanakan setiap malam Senin dan diperuntukkan bagi semua siswa tingkat Aliyah, Mutakhorrijin (alumni) MHM dan siswa tingkat Tsanawiyah yang berminat. Sistemnya hampir mirip dengan musyawarah Fathul Qarib. Hanya saja dalam musyawarah Al-Mahalli, tahap akhir diisi dengan menyelesaikan pembahasan draft yang sebelumnya telah ditentukan. Draft ini berupa pertanyaan-pertanyaan metodologis yang diangkat dari materi atau bab yang sedang dimusyawarahkan.

Di tahun 2011, musyawarah al-Mahalli mengalami perubahan drastis. Model musyawarah sebelumnya yang menitikberatkan pada kajian metodologis ushul fikih, kaidah fikih dan dlawabith tetap dipertahankan. Namun yang digunakan sebagai standar bukan lagi kitab al-Mahalli, melainkan Bidayatul Mujtahid. Dengan perubahan ini para santri diharapkan tidak lagi hanya mampu memahami hasil jadi dan metode dari madzhab Syafi’i saja, namun ke depan juga mampu untuk mengkomparasikan berbagai pendapat, alur pemikiran dan metode ijtihad dari madzhab-madzhab lain atau yang lebih dikenal dengan perbandingan madzhab. Ke depan, diharapkan muncul generasi santri yang berpengetahuan luas dan mumpuni, lintas madzhab, dan lintas konsep.

Di samping itu, dalam musyawarah al-Mahalli dikenalkan sistem musyawarah baru yang dikenal dengan sistem khulashoh. Dalam hal ini, para musyawairin menitikberatkan pembahasan pada meneliti, menganalisa, mengumpulkan berbagai perbedaan pendapat ulama dalam satu persoalan secara komprehensif dari berbagai sisi. Untuk standar tetap menggunakan kitab al-Mahalli dengan menitikberatkan khilafiyyah pada Imam Ibu Hajar al-Haitamiy, Imam Ramli Shoghir, Imam Khothib as-Syirbiniy, Imam Zakariya al-Anshori. Dalam prakteknya seringkali juga muncul pendapat yang berbeda dari ulama lain seperti Imam Ramli Kabir, Imam Syabramalisiy, Imam Zayadi, Imam Ibnu Qasim al-Abbadiy, dan lain-lain.

Untuk program Bahtsul Masail dibagi menjadi tiga tingkatan; Ibtidaiyah (MUSGAB), umum dan bahtsul masail kubro. Bahtsul masail tingkat Ibtidaiyah atau MUSGAB (Musyawarah Gabungan), kendati forum tersebut secara teknis persis sebagaimana bahtsul masail pada umumnya, namun kualitas forum ini sepertinya belum layak disebut forum bahtsul masail. Karena memang modal berdiskusi siswa Ibtidaiyyah belum dikatakan cukup. Bisa dikata, forum ini sekedar ajang pelatihan dan materi yang diketengahkan terbatas seputar permasalahan nahwu dan shorof. Bahtsul masail tingkat Ibtidaiyah ini dilaksanakan dua kali dalam setahun untuk masing-masing kelas. Pesertanya meliputi utusan dari masing-masing lokal dan delegasi yang diundang.

Bahtsul masail umum juga bisa dikatakan bahtsul masail tingkat lokal, karena hanya diikuti oleh intern santri Lirboyo sendiri. Pelaksanaan bahtsul masail tingkat lokal ini diselenggarakan satu kali dalam seminggu, yakni setiap malam Selasa. Bahtsul masail ini diselenggarakan oleh Pengurus LBM P2L dan siswa tingkat Tsanawiyah dan Aliyah secara bergilir. Umumnya dalam setahun setiap kelas mendapat giliran menyelenggarakan bahtsul masail sebanyak tiga kali. Dua kali yang pertama hanya diikuti peserta dari kelas yang menyelenggarakan bahtsul masail. Untuk penyelenggaraan bahtsul masail ketiga, mengundang kelas lain, jam’iyah dan pondok-pondok unit Lirboyo.

Masing-masing kelas, jam’iyyah atau pondok unit yang diundang minimal megirimkan dua delegasinya dalam forum ini. Khusus untuk kelas penyelenggara bahtsul masail, mereka bisa mengirimkan delegasi lebih dari jumlah yang telah ditetapkan untuk undangan yang lain. Sedangkan bahtsul masail yang diselenggarakan Pengurus LBM P2L, dalam setahun umumnya sebanyak enam sampai tujuh kali dan diikuti oleh undangan dari kelas tingkat Tsanawiyah, Aliyah dan pondok unit.

Mekanisme penjaringan pertanyaan dalam bahtsul masail ini berasal dari peserta (mubahitsin) sendiri. Dan dianjurkan persoalan yang diajukan merupakan persoalan yang aktual. Setelah seluruh persoalan terkumpul, selanjutnya Pengurus LBM P2L akan menyeleksi untuk menentukan as’ilah/ pertanyaan yang layak untuk didiskusikan. Hal ini dilakukan untuk menghindari overlaping (tumpang tindih). Sebab, jika tidak diseleksi, ada kemungkinan persoalan yang diusulkan sebenarnya sudah pernah dibahas pada bahtsul masail diwaktu-waktu sebelumnya. Di samping itu, yang demikian juga untuk mengukur tingkat kesulitan persoalan yang diusulkan. Karena, kalau terlalu sulit, hal itu hanya akan menjadi kontra produktif (mauqûf).

Berbeda dengan bahtsul masail umum, bahtsul masail kubro disamping diikuti oleh utusan dari siswa tingkat Tsanawiyah dan Aliyah dan utusan dari pondok Unit, bahtsul masail kubro ini juga diikuti oleh para alumni (Mutakharrijîn) MHM dan utusan dari Pondok Pesantren se Jawa Madura yang diundang. Bahtsul masail ini dilaksanakan satu kali dalam satu tahun, yaitu menjelang akhir tahun.

Adapun persoalan yang dikaji dalam bahtsul masail ini merupakan hasil inventarisasi dari peserta bahstul masail sendiri, dan terkadang persoalan yang dikaji juga didapat dari usulan masyarakat luas. Bahkan tak jarang tema yang diangkat adalah isu-isu berskala nasional dan internasional. Dan dalam konteks ini, LBM P2L bertindak sebagai pihak pelaksana.

Bahtsul masail tingkat ini melakukan kerja sama dengan pihak-pihak di luar pesantren seperti Nahdlatul Ulama Cabang Kediri, Perguruan Tinggi se Kota Kediri, dan pesantren-pesantren yang ada di Kota dan Karesidenan Kediri. Seringkali jika pihak pesantren merasa bahwa permasalahan yang disodorkan adalah masalah yang perlu adanya validitas penjelasan yang lebih akurat, pesantren mengundang pihak-pihak yang ahli dalam bidangnya sebagai narasumber, seperti dokter, praktisi hukum, politikus, ekonom, dll. untuk menyampaikan sejumlah informasi mengenai persoalan yang sedang dikaji. Keterlibatan para ilmuan dan praktisi yang berkompeten dibidangnya diharapkan dapat memperjelas duduk persoalan suatu masalah, yang pada gilirannya keputusan-keputusan yang diambil nantinya benar-benar bisa dipertanggung jawabkan secara ilmiah.

Diluar ketiga program utama di atas, LBM P2L juga memiliki kesibukan lain. Seperti menghadiri undangan bahtsul masail dari luar Lirboyo, pembuatan karya ilmiah, mengasuh rubrik dalam website dan majalah, menjadi narasumber televisi lokal, radio, seminar dan diskusi-diskusi ilmiah lainnya.