Cabang ini berawal dari sebidang tanah yang dibeli Pondok Pesantren Lirboyo yang kemudian di tahun 1989 didirikan sebuah musholla yang pembangunannya dikoordinir oleh Kiai Mahrus Aly Manshur dari Kuningan, Kanigoro, Blitar. Tahun 1991 Kiai Mahrus Aly Manshur diberi amanat dari Pengasuh Pondok Pesantren Lirboyo untuk mengasuh dan mengembangkan Pesantren Lirboyo Cabang Pagung. Di tahun ini pula –tepatnya Juli 1991– Madrasah Hidayatul Mubtadi-ien di cabang ini berdiri.
Mulanya madrasah ini hanya terdiri dari dua kelas dan diajar oleh Kiai Mahrus Aly Manshur beserta istri dengan dibantu pengajar dari Pondok Lirboyo pusat. Jadwal belajar mengajarnya seminggu empat kali setelah Zhuhur. Untuk menampung siswa yang sekolah umum dan bekerja siang hari, maka dibukalah Madrasah Ibtidaiyah malam hari. Lima tahun kemudian dibuka pula Madrasah Tsanawiyah dan jadwal kegiatan belajarnya ditambah dua jam.
Tahun 1999 Madrasah Aliyah dibuka dan jam sekolah ditambah menjadi enam hari dalam seminggu. Mulai tahun ini pula (hingga sekarang) Pesantren Lirboyo Cabang Pagung diasuh oleh Kiai M. Salim Thobroni dari Bulusari, Tarokan, Kediri (mustahiq MHM Lirboyo tahun 1997) karena pada malam Rabu tanggal 22 April 1999 Kiai Mahrus Aly Manshur beserta istri harus kembali ke Blitar.
Pada tahun 2002 dibentuk Majelis Musyawarah Madrasah Hidayatul Mubtadi-ien (M3HM) Pagung, organisasi yang khusus mengkoordinir kegiatan musyawarah, muhafazhah umum, pembuatan KTK, penerbitan Majalah Dinding, penataran M3HM dan kegiatan lainnya yang itu semua tidak lain demi meningkatkan kualitas santri.
assamualaikum..bagaimana kalau mondok di situ tapi sambil kuliah di luar pondok
Assalamualaikum , mau tanya kalo masuk aliyah bisa mengulang nggak madrasah Diniyah ny dr awal ?
Wa’alaikum salam, maksud pertanyaan Mba virza apakah seandainya telah lulus Aliyah dari sekolah lain, kemudian masuk ke pesantren dengan tingkatan dari awal. Apakah begitu?