Awal didirikannya Pondok Pesantren Al-Baqoroh bisa dikatakan punya dua kaitan. Pertama, ketika hendak mendirikan rumah yang sekarang beliau tempati ini, KH. Hasan Zamzami Mahrus diijazahi oleh Ibu Nyai Umi kultsum dari Abah beliau, KH. Mahrus Ali, untuk sering-sering mewiridkan surat Al-Baqoroh ketika mendirikan rumah nanti dan melanggengkan mengamalkannya oleh sebab itu sebagai tafa’ulan dipilihkan kata “Al-baqoroh”. Kedua, selain dari alasan yang pertama tadi juga karena beliaupun mulai memelihara sapi perah pada tahun 1996 M. hingga dikembangkan sampai sekarang. Ketika itu hanya ada beberapa santri yang ikut mengabdi pada beliau, hingga kemudian  semakin bertambah pula santri putra dan santri putri yang ikut mengabdi kepada beliau hingga berjumlah sekitar 60-an.

Sampai pada jumlah sebanyak itu, pada tahun 1998 Pondok Pesantren Al-Baqoroh belum resmi berdiri sebagai salah satu pondok unit Pesantren Lirboyo karena jumlah semua santri yang ikut beliau berstatus sebagi Santri Ndalem (Khodim). Hingga pada tahun 2004 M, perwakilan dari santri Pati dan Kudus yang berdomisili di Asrama Pondok Induk Lirboyo sowan untuk meminta izin mendirikan Asrama di belakang ndalem beliau karena di Pondok Induk belum ada Asrama resmi untuk santri Pati dan kudus, dan beliaupun memberikan izin.

Pada tahun itu juga asrama mulai dibangun dan jumlah santri pun lambat laun mulai bertambah hingga mencapai 189 santri yang terdiri dari santri putra dan putri. Sebagai permulaan, kepengurusan pun segera dibentuk dan mulai resmi menjadi salah satu Pondok Unit Lirboyo pada tahun 2011 M/1432 H.

Perkembangan selanjutnya Pada tahun 2017 Pondok Pesantren Al-Baqoroh Lirboyo secara resmi telah menjadi Lembaga berbadan hukum dengan SK Kemenkumham Nomor AHU-0009155.AHA.01.04. Tahun 2017 dengan nama lembaga “Yayasan PP AL-BAQOROH LIRBOYO” yang menaungi Pondok Pesantren Putra dan Putri Al-Baqoroh.

Hingga pada tahun 2025, Pondok Pesantren Al-Baqoroh khususnya yang putra telah dihuni  santri sebanyak  -+294 orang, mereka menempat di 9 kamar yang ada dilingkungan pesantren.

Sebagai jenis pondok pesantren salaf, Pondok Pesantren Putra Al-Baqoroh Lirboyo adalah sebuah lembaga yang berorientasi pada pendidikan keagamaan dan sosial kemasyarakatan dengan tetap mempertahankan nilai-nilai salafiyah, sehingga diharapkan dimasa mendatang para santri dapat melestarikan perjuangan para ulama’ dalam mengembangkan syi’ar islam dalam berbagai kondisi dan situasi.

Pondok Pesantren Putra Al-Baqoroh hingga saat ini terus berusaha berbenah melengkapi dan memperbaiki fasilitas serta sarana pendidikannya dan terus bergerak maju untuk menyesuaikan dinamika yang sedang dibutuhkan dan dihadapi.