Pondok Pesantren Murottilil Qur’an (PPMQ) Lirboyo berawal dari Madrasah Murottilil Qur’an (MMQ) yang didirikan oleh Al-Ustadz KH. Maftuh Basthul Birri pada tahun 1977. MMQ awalnya berupa pengajian dengan sistem sorogan yang diasuh langsung oleh KH. Maftuh Basthul Birri.

Pada tahun 1978, MMQ berdiri sebagai lembaga pendidikan Pondok Pesantren Lirboyo yang khusus membidangi al-Qur’an. Pada tahun 1989/1990, ada seorang santri yang berhasrat menghafalkan al-Qur’an, dan KH. Maftuh Basthul Birri menyambutnya dengan senang hati.

Pada tahun 1997, dibentuklah struktur kepengurusan yang khusus menangani bidang hafalan al-Qur’an, dan berdirilah sebuah majelis khusus yang menjadi wadah bagi santri huffazh, yang diberi nama dengan Majelis Qiro’ah wat Tahfizh (MQT).

Pada tahun 2001, pembangunan asrama MQT sebagai Sijnu Yusuf bagi para calon Ahli Qur’an dimulai. Pada tahun 2002, MMQ meresmikan cabangnya di daerah Batam, dan pada tahun 2004, dibangunlah bangunan baru yaitu Pondok Pesantren Murottilil Qur’an Putra-Putri di dusun Sidomulyo, desa Kodran, kec. Semen, Kediri.

Pada tahun 2009, PPMQ Lirboyo resmi menjadi lembaga yang berdiri dan berada di lingkungan Pondok Pesantren Lirboyo Kediri. Pada tahun 2019, terjadilah peleburan antara MQT dan PPMQ Lirboyo, dan kepengurusan yang semula dilimpahkan kepada MQT, kini diamanahkan kepada PPMQ Lirboyo.

Saat ini, PPMQ Lirboyo memiliki beberapa lembaga, yaitu Madrasah Murottilil Qur’an (MMQ), Majlis Qiro’ah wat Tahfizh (MQT), PPMQ Unit Putra Putri Kodran Semen Kediri, dan Yayasan Murottilil Qur’an Kota Batam. Jumlah santri PPMQ Lirboyo saat ini mencapai 1.579 orang.