Pondok Pesantren dimanapun adanya, dari zaman dahulu hingga sekarang dikenal sebagai lembaga pendidikan Agama Islam yang pada dasarnya mempunyai tujuan mendidik dan membina para santri untuk dicetak menjadi kader generasi Islam yang berakhlaqul karimah serta peduli akan perkembangan Agama Islam di tengah–tengah masyarakat. Untuk tujuan itu pondok pesantren sangat memperhatikan secara serius tentang pelajaran serta keterampilan yang disalurkan kepada para santrinya.
Demikian juga dengan Pondok Pesantren Lirboyo. Meskipun lebih dikenal sebagai pesantren salaf, Pondok Pesantren Lirboyo mempunyai sistem pendidikan yang bermacam-macam, semuanya tergantung pada kebijaksanaan pengasuh dan pimpinan masing-masing unit. Di Pondok Pesantren Lirboyo, selain mengajarkan pendidikan salaf juga mengajarkan pendidikan formal, yaitu di Universitas Tribakti, Pondok Pesantren Anak-anak Ar Risalah dan HM Putra Almahrusiyah.
Meskipun berbeda-beda sistem yang dijalankan dalam setiap unit, seluruhnya harus tunduk pada Badan Pembina Kesejahteraan Pondok Pesantren Lirboyo (BPK-P2L). Badan ini memiliki otaritas tertinggi di lingkungan Pondok Pesantren Lirboyo. Semua kegiatan ataupun kebijakan di dalam pondok ataupun madrasah, hanya bisa direalisasikan ketika sudah mendapatkan restu dari BPK-P2L. Apabila ada problematika yang belum bisa dipecahkan dalam sebuah rapat-rapat pengurus pesantren, baik induk maupun unit, hal itu kemudian diangkat dalam rapat BPK-P2L.