Pondok Pesantren dimanapun adanya, dari zaman dahulu hingga sekarang dikenal sebagai lembaga pendidikan Agama Islam yang pada dasarnya mempunyai tujuan mendidik dan membina para santri untuk dicetak menjadi kader generasi Islam yang berakhlaqul karimah serta peduli akan perkembangan Agama Islam ditengah–tengah masyarakat. Untuk tujuan itu pondok pesantren sangat memperhatikan secara serius tentang pelajaran serta ketrampilan yang dituangkan kepada para santrinya.
Demikian juga dengan pondok Pesantren Lirboyo, Meskipun lebih dikenal sebagai pesantren salaf, Pondok Pesantren Lirboyo mempunyai system pendidikan yang bermacam-macam dan berbeda-beda, semuanya tergantung pada kebijaksanaan pengasuh dan pimpinan masing-masing unit. Di Pondok Pesantren Lirboyo, selain mengajarkan pendidikan salaf juga mengajarkan pendidikan formal, yaitu di Unifersitas Tri Bakti dan Pondok Pesantren Anak-anak Ar Risalah dan HM Putra Almahrusiyah