Di era 80-an, tepatnya tahun 1986, Lirboyo berkesempatan mengirimkan delegasinya (Kru Majalah Dinding Hidayah) untuk mengikuti lokakarya kejurnalisan di Pondok Pesantren Tebuireng, Jombang. Acara tersebut diikuti oleh perwakilan pesantren yang ada di tanah Jawa. Inti kegiatan itu adalah agar dalam lingkungan pesantren budaya tulis menulis kian berkembang, seperti yang disampaikan Pengasuh Pondok Pesantren Tebuireng, KH. Ishomuddin Hadziq, dalam sambutannya.
Menyadari akan pentingnya media informasi sebagai penunjang dakwah, tepat beberapa waktu setelah diadakannya lokakarya tersebut, hampir secara bersamaan terbitlah banyak majalah di pesantren-pesantren, seperti Suara Cipasung di Pondok Pesantren Cipasung, Majalah Tebuireng di Pondok Pesantren Tebuireng, dan Bulletin MISYKAT di Pondok Pesantren Lirboyo yang secara resmi diterbitkan berdasarkan SK. BPK P2L No. 20/BPK P2L/III/’86 Tentang penerbitan Bulletin/ Majalah.
Setelah disepakatinya penerbitan majalah di Lirboyo, dari hasil sidang tim ada dua nama yang diajukan, yaitu GAGASAN dan MISYKAT. Nama MISYKAT sendiri sebenarnya bukanlah usulan dari anggota sidang. Adalah Ghazi GZ, redaktur Majalah Panji Masyarakat (Panjimas) yang mengusulkan nama MISYKAT.
Untuk menentukan salah satu dari kedua nama tersebut, ditunjuklah Nur Badri (Kepala Madrasah PP. Raudlatul Huda, Kerokan, Kedu, Temanggung, Jateng) untuk melakukan salat istikharah. Oleh Nur Badri –yang selanjutnya menjadi pimpinan redaksi pertama MISYKAT– kedua nama ini kemudian ditulis pada dua helai kertas dan diletakkan di bawah sajadah. Seusai salat istikharah, kedua kertas nama yang sudah dilipat itu diajukan kepada KH Imam Yahya Mahrus untuk diambil salah satunya. Dan setelah dibuka, yang keluar adalah nama MISYKAT.
Saat penerbitan edisi pertama dilaksanakan selamatan kecil-kecilan yang diikuti oleh semua kru (saat itu kru MISYKAT diambilkan dari kru Majalah Dinding Hidayah). Dengan modal sebuah mesin ketik, satu buah tustel, dan uang sebesar Rp. 600.000,00 hasil mengikuti lokakarya UDPI di Tebuireng, terbitlah edisi perdana Bulletin MISYKAT dengan tema; Empat Belas Macam Ilmu dalam Itmamuddiroyah, yang disampaikan oleh Gus Dur (KH Abdurrahman Wahid) ketika berkunjung di Lirboyo dan diliput oleh Bulletin MISYKAT.
Sesuai keputusan, Bulletin MISYKAT terbit secara berkala tiga bulan sekali. Edisi pertama cetak 300 exs. dengan harga RP. 500/ exs. Dari 300 exs tersebut, terjual sekitar 200 exs., sedang yang 50 exs. dibagi-bagikan kepada para masyayikh dan simpatisan. Melihat kesuksesan edisi pertama, pada edisi selanjutnya MISYKAT memberanikan diri untuk mencetak 200 exs.
Sayang, saat MISYKAT baru mulai berkembang dan mulai dikenal masyarakat, MISYKAT hanya mampu terbit tiga edisi saja. Alasan utama kevakuman MISYKAT adalah tidak adanya regenerasi. Waktu itu, kru MISYKAT didominasi oleh santri-santri tamatan (kelas III Tsanawiyah). Jadi, sewaktu mereka harus kembali ke rumah masing-masing, secara otomatis meninggalkan MISYKAT dan hanya Faruq Zawawi, satu-satunya kru yang masih bertahan.
Merasa tidak mampu menjalankan MISYKAT sendirian, Faruq Zawawi menyerahkan inventaris yang dimiliki MISYKAT ke pihak pondok Lirboyo. Sebuah mesin ketik, kamera, dan uang tunai 750.000 ia serahkan ke pengurus untuk dimanfaatkan.
Setelah mati suri selama kurang lebih 17 tahun, pada tanggal 29 Januari 2004, tiada yang menyangka kalau akhirnya MISYKAT hidup kembali. Dengan format bulletin sebagaimana edisi terdahulu, tampilan sederhana dan bisa dikata kurang menarik. Namun ternyata, hal itu tidak mengurangi minat pelanggan.
Tahun demi tahun, berkat kegigihan serta loyalitas para krunya, MISYKAT dapat berkembang dengan pesat. MISYKAT yang hadir kembali dengan format Bulletinpun kemudian berbenah dengan format majalah. Mulai dari 12, 34, 64, 68 halaman, dan mulai Edisi 49, November 2008, MISYKAT tampil setebal 100 halaman, meskipun dengan tampilan grayscale. Baru mulai Edisi 60, Mei 2010, MISYKAT tampil full colour.
MISYKAT terus melakukan pembenahan. Dan melihat perkembangan teknologi kian maju, terutama dunia internet, MISYKAT pun menerbitkan versi onlinenya dengan situs Majalah MISYKAT