Metode belajar yang dipakai oleh KH. Marzuqi dahlan adalah metode klasik, seperti memaknai dengan sistem mubtadak-khabar. Saya dan Gus Bahru disuruh membaca kemudian di-maknai lalu di-tarkib. KH. Marzuqi Dahlan tidak menyuruh untuk menerangkan. Kemudian KH. Marzuqi Dahlan membaca kembali dan di-Murodi. KH. Marzuqi Dahlan dalam membacakan kitab dan memaknai tidak perlu di-murodi seperti halnya para santri, itu sudah dipahami. Cara penyampaian beliau sangat simpel tapi sangat mudah untuk dipahami dan melekat di hati. Itu merupakan kelebihan beliau yang dianugrahkan oleh Allah kepada beliau.
KH. Marzuqi Dahlan dalam menerangkan selalu menambahkan cerita-cerita yang berhubungan dengan apa yang beliau baca. Beliau menceritakan tentang guru-guru beliau, saat mengaji kepada KH. Dahlan, saat mengaji kepada KH. Abdul Karim, dan lain sebagainya. Nasihat dan cerita beliau itu sudah membuat para santri takut. Cerita tersebut bagaikan doktrinisasi yang cukup harus ditaati. Pada saat beliau menerangkan, para santri selalu memperhatikan betul.
Saya tidak pernah menemui kegalakan KH. Marzuqi Dahlan. Saya hanya pernah menjumpai jika ada santri yang lalaran dengan tabuhan yang sangat keras kemudian terlihat oleh KH. Marzuqi Dahlan, beliau akan marah. Pernah suatu ketika pada pukul 23.00 WIB, santri lalaran dengan tabuhan yang berlebihan, beliau mendatangi mereka dengan membawa batu (kayu) dan melemparkan kepada para santri. Beliau belum sempat berkata apa pun, para santri yang tahu itu KH. Marzuqi Dahlan, semua berdiam lalu bubar dan berlari.()
Sumber: Himasal Lirboyo